شهر که نامش را از عارف نامی قرن ششم هجری یعنی قطب الدین حیدر می گیرد به قرن ششم و
هفتم یعنی پس از دفن قطب الدین حیدر و از نظر شهریت به دوره صفوی برمی گردد. رونق و آبادانی شهر
به حدود دویست سال پیش یعنی دوره حاکمیت اسحاق خان قرایی از خوانین و رجال سیاسی عصر
قاجاریه برمی گردد. اسحاق خان به مرمت و آبادانی شهر پرداخته و آن چنان تحولی در شهر بوجود آورد
که مدت ها این شهر تربت اسحاق خان معروف بوده است. در دو انقلاب معاصر ایران یعنی انقلاب
مشروطه در سال ۱۲۸۵ شمسی و انقلاب ۱۳۵۷ شمسی تربت از شهرهای پیشتاز در جریانات انقلاب
بوده است.